Webber logró un tiempo de un minuto, 32 segundos y 53 milésimas en la mejor de las 17 vueltas completadas.
A tan solo 134 milésimas quedó en segundo lugar el británico de Mercedes Lewis Hamilton.
El asturiano Fernando Alonso, en torno a la novena plaza con neumático duro y un mejor tiempo de 1:33.677, rebajó el crono a 1:32.800 al cambiar a blandos y se situó en quinta posición por detrás de Grosjean.
Su compañero de equipo, Felipe Massa, le sigue muy de cerca con una mejor vuelta de 1:32.815.
El triple campeón del mundo, el alemán Sebastian Vettel (Red Bull), tras solo ocho vueltas al circuito de Suzuka con neumático duro, volvió al garaje con problemas en el coche y dejó su mejor tiempo en 1:33.946.
Al concluir la sesión, el coche del alemán permanecía desmontado por los mecánicos de Red Bull.
El alemán Adrián Sutil (Force India) fue el único piloto que acabó fuera de pista por accidente tras acabar contra las protecciones y perder el morro del coche.
– Los tiempos de la tercera sesión de entrenamientos libres del Gran Premio de Japón, disputada en seco, fueron los siguientes:
.1. Mark Webber (AUS/Red Bull RB9 Renault) 1:32.053
.2. Lewis Hamilton (GBR/Mercedes F1W04) 1:32.187
.3. Nico Rosberg (GER/Mercedes F1W04) 1:32.355
.4. Romain Grosjean (FRA/Lotus E21 Renault) 1:32.707
.5. Fernando Alonso (ESP/Ferrari F138) 1:32.800
.6. Felipe Massa (BRA/Ferrari F138) 1:32.815
.7. Jenson Button (GBR/McLaren MP4/28 Mercedes) 1:32.869
.8. Kimi Raikkonen (FIN/Lotus E21 Renault) 1:32.946
.9. Sebastian Vettel (GER/Red Bull RB9 Renault) 1:33.036
10. Nico Hülkenberg (GER/Sauber C32 Ferrari) 1:33.076
11. Sergio Pérez (MEX/McLaren MP4/28 Mercedes) 1:33.158
12. Jean-Eric Vergne (FRA/Toro Rosso STR8 Ferrari) 1:33.260
13. Daniel Ricciardo (AUS/Toro Rosso STR8 Ferrari) 1:33.490
14. Pastor Maldonado (VEN/Williams FW35 Renault) 1:33.638
15. Paul di Resta (GBR/Force India VJM06 Mercedes) 1:33.660
16. Esteban Gutiérrez (MEX/Sauber C32 Ferrari) 1:33.732
17. Valteri Bottas (FIN/Williams FW35 Renault) 1:33.955
18. Adrian Sutil (GER/Force India VJM06 Mercedes) 1:34.773
19. Giedo Van der Garde (HOL/Caterham CT03 Renault) 1:35.473
20. Charles Pic (FRA/Caterham CT03 Renault) 1:35.518
21. Max Chilton (GBR/Marussia MR02 Cosworth) 1:35.844
22. Jules Bianchi (FRA/Marussia MR02 Cosworth) 1:39.378.